В соответствии с Федеральным законом от 27.12.2009 № 345-ФЗ «О территориальной юрисдикции окружных (флотских) военных судов» (до 21.04.2023) юрисдикция Южного окружного военного суда распространялась на территории 15 субъектов Российской Федерации:Южного и Северо-Кавказского федеральных округов, а также на территории Республик Армения, Абхазия и Южная Осетия по месту дислокации воинских частей и учреждений Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов. С 21.04.2023 вступили в силу изменения, внесенные Федеральными законами от 03.04.2023 № 85-ФЗ, № 86-ФЗ, № 87-ФЗ, № 88-ФЗ, согласно которым юрисдикция Южного окружного военного суда распространяется на территории 19 субъектов Российской Федерации (с учетом территорий Донецкой Народной Республики, Луганской Народной Республики, Запорожской области и Херсонской области).

К подведомственности Южного окружного военного суда (до 21.04.2023) относились 19 гарнизонных военных судов, в том числе расположенный за пределами Российской Федерации 5 гарнизонный военный суд (Республика Армения). Данные гарнизонные военные суды рассматривают судебные дела военнослужащих Южного военного округа, Южного и Северо-Кавказского округов Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации, региональных (по субъектам Российской Федерации) Пограничных управлений Федеральной службы безопасности России, Южного и Северо-Кавказского региональных центров Министерства чрезвычайных ситуаций Российской Федерации, Черноморского флота и Каспийской флотилии.

Согласно Федеральному закону от 29.12.2020 № 466-ФЗ «О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов» (в редакции от 03.04.2023 № 85-ФЗ, № 86-ФЗ, № 87-ФЗ, № 88-ФЗ) с 21.04.2023 на территории образованных в составе Российской Федерации новых субъектов подлежат созданию четыре гарнизонных военных суда. Таким образом, к подведомственности окружного военного суда отнесено 23 гарнизонных военных суда (решение о дате начала деятельности четырех судов будет принято Пленумом Верховного Суда Российской Федерации).

Согласно п. 2 ст. 1 Федерального закона от 03.04.2023 № 85-ФЗ в составе Южного окружного военного суда создается постоянное судебное присутствие в г. Донецке.

Статья 13. Окружной (флотский) военный суд

1. Окружной (флотский) военный суд действует на определенных федеральным законом территориях одного или нескольких субъектов Российской Федерации, на которых дислоцируются воинские части и учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов.

(ст. 13, Федеральный конституционный закон от 23.06.1999 N 1-ФКЗ (ред. от 07.02.2011) "О военных судах Российской Федерации" (одобрен СФ ФС РФ 09.06.1999))